Los sistemas HPLC-MS facilitan el análisis de muestras que tradicionalmente han sido difíciles de analizar por GC-MS es decir, analitos poco volátiles. Como resultado, la técnica es ampliamente utilizada en el análisis de fármacos, proteínas, etc.

USOS: 

 Investigación: Separación y cuantificación de los componentes de una muestra compleja, de productos químicos sintéticos similares el uno del otro, desarrollo de productos en fase de verificación de la calidad, desarrollo de metodologías para la determinación de analitos en diferentes muestras de alimentos o farmacéuticos.